Los contribuyentes deberán conservar y registrar en su contabilidad las Facturas Electrónicas que emitan.
Las Facturas Electrónicas, así como los archivos y registros electrónicos de las mismas se consideran parte de la contabilidad del contribuyente, conforme a lo dispuesto por el artículo 28 del Código Fiscal de la Federación.

Con respecto al tiempo que se debe de conservar las Facturas Electrónicas es el mismo tiempo que indiquen las disposiciones fiscales vigentes para la conservación de la contabilidad.

Las Facturas Electrónicas deben de ser concervadas, por los emisores y receptores de la siguiente manera.
Emisores:
De acuerdo a lo señalado en la Regla I.2.8.3.1.11 de la RMF para 2013, y en formato *.XML únicamente.
Receptores:
De acuerdo a lo señalado en la Regla I.2.8.3.1.11 de la RMF para 2013, y en formato *.XML. o en la representación impresa de la Factura Electrónica.

Cabe mencionar que los contribuyentes que emitan y reciban Facturas Electrónicas, deberán almacenarlas en medios magnéticos, ópticos o de cualquier otra tecnología, debiendo, además, cumplir con los requisitos y especificaciones a que se refieren los rubros I.B y I.C del Anexo 20 de la RMF.